La parroquia de San Miguel arcángel fue el único templo de la ciudad que estuvo vinculado al obispado de Toledo, mientras que los demás parroquias lo estuvieron a la diócesis de Baeza, que durante dos décadas fue la capital civil y eclesiástica del alto Guadalquivir, condición que perdió a favor de la ciudad de Jaén. A partir de ese momento, todo el arciprestazgo de Andújar quedó vinculado al nuevo obispado, incluida la parroquia de San Miguel.
Todo parece indicar que el inicio de las obras del actual templo de San Miguel precede a las de Santa María la Mayor, y deben situarse en torno al segundo tercio del siglo XV. Estamos ante un templo gótico, de planta basilical de tres naves, articuladas en cinco tramos; el tramo inmediato al presbiterio, singularizado con su menor altura, se concibe como transepto y en el tramo primero, el de los pies, se sitúa el coro en alto. La nave central, más ancha y alta que las laterales, termina en una cabecera poligonal, mientras que las naves laterales se concluyen en un testero plano.
El muro, de gran grosor, es de sillería en su cara externa y enfoscado en la interna. Cumple una doble función: cerramiento del edificio y soporte del peso y presión que ejercen las bóvedas de la nave lateral. Aquellas zonas del muro que soportan un mayor empuje, están reforzadas en el exterior con contrafuertes, dispuestos en línea con los pilares y con los arcos fajones. Para no debilitar el muro sólo se abren en él pequeñas ventanas abocinadas en el primer y en el cuarto tramo, mientras que las puertas laterales se sitúan en el tercer tramo. El resultado de ello es que el templo carece de la luminosidad propia del estilo y carece de unos de sus elementos más definitorios: la vidriera. En el interior, el elemento de soporte es el pilar, de sección cuadrada, con pilastras adosadas donde descansan los arcos fajones y formeros.
El templo se cubre con bóvedas de crucería, que en la nave central son estrelladas o de terceletes y en las laterales de ojiva simple. En la nave central, el peso de la bóveda, conducido por los nervios, se concentra en los ángulos de cada tramo y va a parar a los pilares que lo transmitirán a los cimientos. La presión lateral que ejerce la bóveda, también localizada en los ángulos de cada tramo, se anula con la presión ejercida, en sentido contrario, por las bóvedas de las naves laterales, las cuales descargarán en el muro su presión y peso.
En el templo de San Miguel se ponen en relación elementos góticos como el arco apuntado y las bóvedas de ojivas con soluciones pregóticas, como la forma de resolver el problema del traslado de los empujes que, a su vez, condicionan otros aspectos como: el de la altura, la luminosidad, el grosor del muro y el de su fisonomía exterior carente del sistema de arbotantes.
En el tramo de los pies, sobre sus tres naves del quinto tramo del templo se sitúa el coro. Su alfarje fue realizado a partir de 1578 por los artistas Salvador de Madrigal y Martín de Salinas. El alfarje de las naves laterales es de mayor simplicidad que el central.
Entre las vigas existen artesones hexagonales de cuyo centro cuelgan piñas pinjantes. En el harneruelo o almizate de la nave central se alternan artesones hexagonales con piñas pinjantes y florones – claveles iraníes-. En el estribado se representa veintiséis figuras: cuatro en los estribados menores (lado norte y sur donde se sitúa el escudo del obispo Francisco Sarmiento de Mendoza) y nueve en los estribados occidental y oriental.
La bella balaustrada de hierro forjado fue realizada por el artista local Alonso de Morales.
Este programa iconográfico, el anuncio de la llegada del Mesías en la etapa hebraica, queda completado con las imágenes del cancel de la puerta occidental y que actualmente separa los tramos cuarto y quinto de la nave central. En esta bella puerta de estilo barroco (siglo XVIII) encontramos las tallas de Cristo, la Virgen María, San Pedro y San Pablo, los pilares de la Iglesia, y los tetramorfos, los que fijan por escrito el mensaje de Cristo. Se trata, por tanto, de un programa iconográfico completo, fruto de la unión de dos obras de cronología diferente que el tiempo ha querido unir.
CAPILLAS ADYACENTES.
La planta basilical de San Miguel se enriqueció con la creación de Capillas adyacentes abiertas a él. En la nave del Evangelio se encuentran:
La Capilla del Sagrado Corazón o Sacramental. Está cubierta con bóveda de cañón con lunetos. Su decoración barroca fue proyectada por Jerónimo de Pedrajas. Está comunicada al primer tramo mediante una bella reja que acoge la heráldica de los Reinoso-Pañuela. Su retablo de estilo barroco es de época reciente
La Capilla Bautismal, de finales del siglo XVIII, de estilo neoclásico, se realizó en los años en los que se reforzó el primer cuerpo de la torre para evitar los efectos producidos en ella por el terremoto de Lisboa. En ella existe un bello lienzo en el que se representa la Inmaculada, con la estética formal propia de barroco sevillano de la segunda mitad del siglo XVII y una interesante pila bautismal cuya cronología se remonta al siglo XIII.
La Sacristía, de sección rectangular cubierta con bóveda elíptica, fue realizada en los primeros años del siglo XVII por Juan de Aranda Salazar. Su bóveda está pintada al fresco por Antonio García Reinoso (Granada, 1623 – Córdoba, 1677) excepto su Apostolado que está pintado al óleo. En dos de las pechinas se representa el escudo de armas de don Baltasar de Moscoso y Sandoval, lo que permite la datación de la obra. En las pechinas restantes vemos escudos cortados sobre cueros recortados en los que se muestran leyendas en el cuartel inferior y que hacen referencia a las virtudes que deben acompañar a todo buen cristiano y al clero en particular, incluso al que está llamado ocupar la Cátedra Primada de España.
No es la única obra pictórica que el visitante debe centrarse pues en la nave del evangelio en su segundo tramo se encuentra el lienzo barroco de la Inmaculada Concepción del pintor Francisco Ignacio Ruiz de la Iglesia (1649-1704) y en la nace de la Epístola el espléndido lienzo de “Cristo recogiendo las vestiduras”, vinculado a la escuela cordobesa
La puerta de los pies es de estilo Plateresco, fue realizada en tiempos del obispo Merino, cuyo escudo se encuentra en el friso y que nos permite datarla en el primer tercio del siglo XVI. Su autoría se atribuye a Juan López de Velasco o a su yerno Jerónimo Quijano. En las hornacinas se encontraban esculturas del bulto redondo: el arcángel San Miguel en la del centro y los arcángeles San Gabriel y San Rafael en las laterales. En los tondos de las enjutas los bustos de Adam y Eva.
La torre construída a finales del siglo XVI, ha sufrido numerosas reformas, siendo la más importante, por haber afectado más a su fisonomía, la que sufriera en la segunda mitad del siglo XVIII, en la que se forraron sus dos primeros cuerpos, muy deteriorados por los efectos del terremoto de Lisboa. En 1778 la torre amenazaba ruina, exigiendo una actuación inmediata), que no se haría hasta 1791, tal como nos relata Antonio Ponz en su viaje por Andalucía y que le trajo por estas tierras de Andújar. Presenta gran similitud con la de la parroquia de San Bartolomé por deberse a un mismo autor, Francisco del Castillo, el Mozo.
