La presencia de las Madres Trinitarias en la ciudad se remonta a 1587, año en el que fundan su casa, a extramuros, colindante con el convento de San Eufrasio, también de la Orden Trinitaria.  En los primeros años del siglo XVII obtiene el patronato de la capilla mayor  Martín de Valenzuela, caballero veinticuatro y capitán de la milicia local.   Su escudo de armas se encuentra en el exterior de la capilla.

Del convento original poco queda por el paso de los años y las sucesivas remodelaciones.  La iglesia conventual, muy austera acorde con la norma del periodo, es de única nave con altares a lo largo de los muros.  Está cubierta con bóveda de cañón con lunetos separados por arcos fajones.  El tramo de los pies se ha adaptado para coro, en alto, y oratorio debajo de éste.  La capilla mayor, de buena sillería, cubierta con media naranja sobre pechinas decoradas con el linaje de los Valenzuela, sus fundadores. 

En el tramo inmediato a la capilla mayor en el lado del Evangelio se halla una bella talla policromada del Beato Simón de Rojas de estilo barroco (siglo XVIII).

Cuenta el templo con tres puertas aunque dos de ellas cegadas en la actualidad.  Una de ellas es la puerta de los pies, con arco de medio punto, decorado con almohadilla, al igual que las jambas.   Se encuentra enmarcado por pilastras almohadilladas y frontón triangular.  En el ápice un pinaculillo, en sus vértices y en el interior del frontón, escudo con la Cruz Trinitaria.  Sobre la puerta y en su mismo eje, una ventana en la que repite el esquema de la puerta desde su linea de imposta, aunque sin decoración heráldica.  Sobre la cornisa de cincha, un cuerpo estrecho con tres ventanas rectangulares entre pilarillos.  En su lado norte, la espadaña de doble piso y tres vanos de medio punto.  

La puerta de la calle de las Monjas, abierta en el segundo tramo, es de gran simplicidad.  Adintelada y rematada por un frontón partido con hornacina en su centro.  La tercera puerta, de pequeñas proporciones, se encuentra en la Capilla Mayor, con forma de torre. Esta puerta estaba destinada exclusivamente para el uso privado de los patronos. En la actualidad   se encuentra cegada. 

El templo guarda en su interior varias obras de interés.  Su retablo, de estilo barroco, costeado por doña Melchora en 1704, quedó muy dañado en la guerra civil y, en la actualidad, se encuentra en proceso de restauración.   A él debió pertenecer la talla policromada de la Inmaculada, ahora en el coro, que está modelada para ser vista tan solo de frente.  En el coro se encuentra, también, la talla de la Virgen Prelada, probablemente de la escuela granadina del siglo XVIII. 

Entre sus lienzos cabe destacar el que representa a la Trinidad y a la Sagrada Familia. Por el tipo de composición, su jugoso colorido y factura debe vincularse a la segunda mitad del XVII y a la impronta sevillana.  Nazareno de estilo barroco, tiene indudable relación con los talleres granadinos.

Toda la ciudad reconoció la fortaleza de ánimo y la fe que puso en tan difícil empresa don Pedro, pues no desmayó en ningún instante en aquellos difíciles momentos.  Una fuerza interior parecía iluminar toda su actuación, fruto de la fe que puso en las palabras que en su día le dijera Sor Luisa de Diáñez: » Pedro Bernardo debes permanecer  en tu puesto y servir a tus vecinos pues no has de tener miedo,  ni por tí ni por los tuyos,  ya que  la peste pasará por tu puerta,  como en su día lo hizo el ángel del Señor ante las de las familias de su pueblo elegido allá en su destierro en tierra de  faraones».  

Profesó en este convento la Madre Sor Luisa Diáñez (o Yáñez) que vaticinó el brote de peste que sufriera la ciudad en el año 1680. La tradición cuenta que en el día de Nuestra Señora y Pura Concepción de 1680, cuando su solemne procesión terció por la Puerta del Sol para iniciar su andadura por la calle Audiencias, las MM Trinitarias, que divisaban con gran júbilo a la comitiva desde el mirador de su convento, observaron con estupor como Sor Luisa Diáñez, en ese momento, empezó a palidecer y la angustia y la zozobra se iban apoderando de ella mientras el cortejo se acercaba. Las hermanas, al contemplar el rostro de Sor Luisa, cambiaron los cánticos de un primer momento por el temor y la congoja al temer por su vida ¿Qué os pasa hermana?, le preguntó una de ellas. ¿Os encontráis indispuesta?, refirió otra.  Con rapidez bajaron a Sor Luisa al locutorio para aliviar su mal; a él acudió entre otros, para interesarse de lo ocurrido, don Pedro Soldado y Rojas, regidor de la ciudad.  Mas la sorpresa y el miedo se apoderaron de todos ellos cuando la monja, retomado el aliento, comentó, que el cortejo que acompañaba a la Madre de Dios, ella lo había contemplado como auténticos cadáveres andantes.  Ante lo oído, don Pedro Soldado expresó: ¡malos tiempos se avecinan para la ciudad a tenor de la imagen que ha tenido esta santa hermana!; ¡Dios nos ampare! repetían unos y otros.

Efectivamente, no habían transcurrido apenas unos días cuando los efectos de la peste negra o bubónica se dejaron sentir en la ciudad, así como en otros puntos de la geografía de España.  Se hizo cargo de la ciudad en tan difíciles momentos don Pedro Bernardo de Valenzuela, en el que delegó plenos poderes el corregidor de la ciudad,   para que dispusiera todo lo necesario y afrontara tan crítico momento.  Don Pedro Bernardo, al igual que su familia, permaneció en la ciudad y en ella desarrolló gran actividad para la creación de hospitales y recogida de dineros y viandas con los que socorrer a las víctimas. 

Historia que recoge don Carlos de Torres Laguna en su obra «Leyendas y Tradiciones iliturgitanas» y que daría origen a una de las tradiciones más esperada del calendario de la ciudad: la procesión de la Inmaculada, a la que el pueblo de Andújar, cofradías y corporación bajo mazas acuden todos los años para dar cumplimiento al voto realizado en 1680.