El actual Ayuntamiento se ubica en el edificio que se construyera entre 1620 y 1631 para Casa de Comedias, función que mantuvo hasta 1680, año en el que el Cabildo se comprometió a no realizar representaciones teatrales en las ciudad por recomendación de la monja Trinitaria Sor Lucia Pérez de Yáñez, para quién «el destierro de las comedias y representaciones ilícitas y la celebración anual del día y fiesta de la octava de la Purísima Concepción» serían medidas más que aconsejables para librar a la población de la terrible peste. Las consecuencias de la peste de 1680, seis mil víctimas, según las actas capitulares, y la dedicada situación económica y social por la que atravesaba Andújar desde ese momento fueron razones más que suficientes para que las representaciones teatrales se dejaran de realizar. A partir de este momento, el edificio se emplearía para otros menesteres, fundamentalmente para alojamiento de tropas y con ello se propiciaría su deterioro.
Tres piso conforma su bella fachada: en el primero un pórtico y en el segundo y tercero una galería a modo de mirador para los festejos de cualquier tipo, fundamentalmente las corridas de toros. Se remata el edificio con una airosa balaustrada, articulada con pilares rematados con pináculos, que se hacen coincidir con las columnas del pórtico. Esta fachada presenta una clara orientación italianizante y se puede ubicar plásticamente dentro del manierismo más clasicista. Desde su construcción se convirtió en el edificio más emblemático de la arquitectura civil local. En 1668, Lorenzo de Magalotti, narrador que acompañaba a Cosme III de Médicis en su viaje por España y Portugal, lo destaca por encima de todos los demás edificios de la ciudad cuando afirma: «Pero la casa más importante de la ciudad es un edificio de tres órdenes de galerías y con las columnas de piedra, que en las dos partes superiores son dobles en cada arco»
El terremoto de Lisboa de 1755 afectaría la estructura del edificio, quedando éste en un estado lamentable y no operativo para su antigua función, tal como reconocía el corregidor de la ciudad, don Manuel Francisco de Irivarri, en 1778. A partir de 1787 los capitulares expresaron su intención de trasladarse a él, una vez restaurado, por el mal estado en el que se encontraba la Casa Consistorial de la plaza de Santa María y por su imposibilidad de ampliación. En la sesión municipal del 22 de mayo de ese mismo año, se leía la autorización para reparar la Casa de Comedias, cuyo coste se había fijado en 121.600 reales de vellón, cantidad que se superó con creces por no haberse presupuestado correctamente los gastos. El autor del proyecto de remodelación fue Juan de Mata Martínez, natural de Andújar y profesor de arquitectura, aunque su proyecto sería retocado en la Real Academia de San Fernando por Manuel Martín Rodríguez, sobrino del arquitecto Ventura Rodríguez. Juan de Mata Martínez se encargaría también de ejecutar el medio relieve en piedra con las figuras alegóricas de la Justicia y la Paz, que se encuentra sobre el arco del balcón, por lo que cobró 200 ducados.
La remodelación alteró los miradores al empotrarse entre las arcadas nueve y doce una fachada neoclásica y una sala contigua, que se concibe como vivienda del corregidor. El nuevo cuerpo central es un rectángulo organizado en dos pisos y rematado por un frontón triangular. En el primero, la puerta con arco de medio punto y almohadillado corrido. Cinco potentes ménsulas soportan el voladizo del balcón del segundo piso. El vano del balcón, en correspondencia con el de la puerta, de medio punto abocinado y derrame en las jambas. Sobre el vano, un relieve de la Justicia y la Paz, y flanqueándolo pilastras pareadas de orden jónico. El reloj del frontón se añadió en 1920.
El antiguo corral de comedias quedaría reducido a la mitad a perder su función y convertirse en patio distribuidor de las nuevas dependencias municipales. A la izquierda del patio se encuentra una magnífica escalera de «estilo imperio» de finales el siglo XVIII, decorada con un bello zócalo de azulejos, probablemente de comienzos del siglo XX, que se resuelve en los tradicionales tonos blancos y azules de la cerámica local. El espacio cúbico de la escalera está rematado por una bóveda elíptica sobre pechinas con linterna y decorado con una inscripción enmarcada que alude a la historia del edificio y un lienzo de 1780 en el que se representan el escudo de armas de Carlos III; el de la ciudad, extremo inferior izquierdo y el de armas de don Manuel Francisco de Yrissarri, corregidor de la ciudad, en el extremo inferior derecho. La magnífica araña de cristal de roca que adorna la estancia fue un regalo que el conde la Quintería realizó en los años en los que estuvo al frente de la alcaldía durante la dictadura de Primo de Rivera. El edificio ha sido sometido a una profunda remodelación entre 1997 y 2000, recuperando todo el esplendor de antaño y añadiéndole un nuevo cuerpo en su parte trasera, caracterizado por la funcionalidad, la simplicidad de las formas, y la continuidad del espacio y por la escasa sensibilidad de su fachada con el entorno de la calle Maestra.
